总统蔡英文日前在就职典礼上谈到转型正义时，特地表示新政府会用道歉的态度，来面对原住民族相关议题。行政院秘书长陈美伶2016年05月26日到立法院报告时指出，蔡总统宣示原住民族日8月1日代表政府向原住民族道歉，另外将在总统府下设「真相与和解委员会」。
呼应总统蔡英文在就职演说中，对原住民的土地正义承诺，高雄市长陈菊2016年5月28日开下第一枪，颁发「原住民保留地权利回复状」给60户原住民，总面积约100公顷，另外还有17笔、50公顷土地仍清查中，将陆续颁发回复状。原住民取得权状后，就视同是族人的财产，「理论上可自由买卖、耕作」，如要买卖，因土地属原住民保留地，也应由原民承接。
行政院发言人童振源29日宣布，原住民族委员会签请行政院明定8月1日为“原住民族日”，行政院予以同意。原民会则表示，以原住民入宪日作为原住民族日有三个重要意涵，提醒大家台湾有其绵长久远的历史，原住民族至少六千年前就已在台湾，并发展出多元而独特的文化，盼国人都能尊重、分享优美的原住民族文化。(2016年7月30日)
蔡英文2016年8月1日上午特别向原住民道歉，她强调，“台湾通史”是典型的汉人史观，用强势族群的角度来书写历史。对此，洪秀柱怀疑蔡英文是不是故意用原住民史观排斥汉民族史观，甚至是去中国化的史观？
总统蔡英文确定于2016年8月1日上午以总统身分正式向原住民族道歉，以兑现选举前承诺。对此，东华大学民族事务及发展学系教授施正锋表示，如果支配者的结构没有改变，那么这种道歉只是感人的政治秀。
总统蔡英文1日上午履行选前承诺，以总统身分向原住民族道歉，道歉文全文提到10次以上“我代表政府，向原住民道歉”。至于道歉之后的作为，还有8大重要任务要完成，来达成原民的历史正义。首先，于总统府下设置“原住民族历史正义与转型正义委员会”，并且亲自以国家元首身分担任召集人；接着是要求行政院定期召开“原住民族基本法推动会”，负责协调及处理相关事务。此外，也要建立具“原住民族法律服务中心”，针对原住民传统和现行法律规范的矛盾问题，包括原民猎杀非保育类动物等问题。要推动原住民族自治法、原住民族土地及海域法、原住民族语言发展法等；且每年8月1日原住民族日，行政院都需向全国人民报告原民历史正义及转型正义的执行进度。(2016年8月2日)
总统蔡英文2016年8月1日“原住民族日”上午代表政府向原住民族道歉，并宣布设置“总统府原住民族历史正义与转型正义委员会”，且亲自担任召集人。府发言人黄重谚表示，这个任务编组将会是一个原住民族集体决策机制。黄重谚指出，委员会委员人数为29人31人，其中原住民16族各一，以及平埔族群代表有3人，将会在4个月内由原住民族及平埔族推举产生，人选会以民族和部落共识为基础。
蔡英文表示，荷兰及郑成功政权对平埔族群的屠杀和经济剥削，清朝时代重大的流血冲突及镇压，日本统治时期全面而深入的理番政策，一直到战后中华民国政府施行的山地平地化政策。四百年来，每一个曾经来到台湾的政权，透过武力征伐、土地掠夺，强烈侵害了原住民族既有的权利。为此，代表政府向原住民族道歉。
至于原住民族依传统惯习维系部落的秩序，蔡英文说，虽以传统智慧维系生态的平衡。但是，在现代国家体制建立的过程中，原住民族对自身事务失去自决、自治的权利。传统社会组织瓦解，民族集体权利也不被承认。为此，代表政府向原住民族道歉。
在母语方面，蔡英文表示，历经日本时代的同化和皇民化政策，以及1945年之后，政府禁止说族语，导致原住民族语言严重流失。绝大多数的平埔族语言已经消失。历来的政府，对原住民族传统文化的维护不够积极，为此，代表政府向原住民族道歉。
到了中华民国政府，蔡英文说，在雅美族人不知情的情况下，将核废料存置在兰屿。兰屿的族人承受核废料的伤害，居住在西部平原的平埔族群首当其冲，历来统治者消除平埔族群个人及民族身分。为此，也代表政府向原住民族道歉。
据总统府表示，本次道歉文中，有关“道歉次数”，全文文字字元中（共3302个字元）中出现“道歉”、“致歉”一词等，有十九次。而就走文文义上对相关事务表示“歉意”的“道歉”，则有十次。
不过，原住民抗议团体突然出现在总统府前，甚至一度闯过重庆路，距离蔡英文10多公尺距离大喊叫嚣，表达内心不满，痛批促转条例没有纳入原住民，大骂进入府内的原住民代表是“假代表”，无法代表所有原住民，甚至讽刺蔡是殖民总统，要她出来面对。(2016年8月2日)
国民党4名原住民立委则批评，这场道歉是“诚意不足、华而不实”。国民党立委孔文吉认为，民进党立委对原住民权益压制，与蔡总统的说辞背道而驰；总召廖国栋也指出，蔡英文的道歉记者会只有道歉，未能提出具体方法。廖国栋表示，意味着政府承认过去的错误，这是进步的想法。但华丽不实的道歉不是解决长期原住民受到迫害问题的简单答案，“道歉不是洋洋洒洒华丽的词藻，而是道歉后积极的和解作为”。且事关重大的《自治法》和《土海法》，都受过去民进党阻挡未通过，蔡总统却未对此事道歉。廖国栋反问，原住民族自治法何时要立法？原住民族土地及海域法何时要立法？兰屿核废料何时要完成迁移？原住民族的历史补偿要怎么落实？原住民族丧失的土地及权益怎么弥补？民进党应该要用当时处理国民党党产的精神，来面对原住民转型正义诉求，这才是实质的道歉。时代力量立法院党团随后发出声明指出，仅有道歉并无法真正抚平伤痛及促进和解，他们相信蔡政府也并非想用一次道歉就解决所有的问题与安抚过去的伤痛，能尽速完成相关立法才是关键所在。(2016年8月3日) 总统蔡英文于“原住民族日”发表道歉文之后，府外仍有聚集抗议的原住民族。为此，总统3日下午亲自走上凯道，近距离与原住民对话，当原民歌手巴奈问总统“原住民到底在哪”时，她比了比胸口，意指原住民在她的心里。(2016年8月4日)
10位华航空服员因于空服员罢工期间执行总统蔡英文出访任务，遭工会开除会籍，引发各界关注，总统府发言人黄重谚2016年8月3日表示，机组员全心为国家付出，华航务必全力维护这些空服员的权益，不过社会民主党下午却表明，罢工在先前均已通知，国家元首出访的压力当然也是筹码之一。社民党在粉丝专页表示，罢工的目的在于创造与资方谈判的筹码，认同工会作为就应该一起罢工，否则这样没有承受风险、却享有罢工果实的搭便车行为，将危及工会公信，影响未来与资方谈判效力。前气象主播李富城也支持工会硬起来，他在脸书发文呼吁，华航工会不是政府组织，请总统注意，总统府管不了这一段。他甚至建议空姐可以转职空军一号，不要为难华航工会。
